연구대상과제를 수행할 때의 활동에서 일반적인 과제를 수행할 때의 활동을 빼는 방법. 그럼으로써 특정 과제에 관여하는 특정 뇌 영역을 찾아 내고자 하였다. 그 결과로 얻어진 뇌 활동 영상들을 통계적으로 분석하면 어떤 뇌 영역이 특정 과제의 수행에 관련되어 있는가를 알 수 있다. 예를 들어, 뇌의 어느 영역이 단어의 의미 인출에 가장 중요한지를 알아보기 위해 실험자는 단어의 낱자들을 재인할 때, 활성화한 영역의 영상에서 단어를 읽을 때 활성화한 영역의 영상을 뺄 것이다. 이 때 나타난 활성화의 차이는 단어를 반영하는 것이라고 추측할 수 있다.
이러한 기법들을 사용할 때 반드시 기억해야 할 것은 이러한 감산법으로 얻어진 영상이 그 영역의 흥분을 반영하는 것인지 아니면 억제를 반영하는 것인지 알 길이 없다는 것이다. (어떤 뉴런은 다른 뉴런으로부터 신경전달물질을 받으면 억제되기도 하기 때문이다.) 그러므로 감산법은 특정 뇌 영역에서의 대사활동을 보여줄 뿐 그 활동의 결과가 +방향인지, -방향인지는 말해주지 못한다. 그리고, 이 기법에서는 활성화가 가산적이라고 가정한다. 그렇기 때문에 감산법을 사용할 수 있는 것이다.
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